يتألف الهيكل التنظيمي للمؤسسة العامة لتوليد ونقل الطاقة الكهربائية من:

مجموعة مديريات الشؤون الفنية .
مجموعة مديريات الشؤون المالية والإدارية والقانونية .
مديرية الرقابة الداخلية .

مديريات الشؤون الفنية
 تتولى مديريات الشؤون الفنية إعداد الخطط السنوية و الخمسية الإنتاجية والاستثمارية و سبل الحفاظ على الطاقة وإعداد الدراسات التفصيلية و التنفيذية  اللازمة لمحطات التوليد والتحويل والخطوط الكهربائية و كذلك مشاريع الربط الكهربائي مع الدول المجاورة . وإعداد برامج التدريب اللازمة و متابعة تنفيذها  وتامين مستلزمات الوقاية و الأمن الصناعي و الحفاظ على البيئة  واستخدام الحاسبات الإلكترونية في معالجة المعلومات والبيانات و تتولى تنفيذ المشاريع المتعلقة بالمؤسسة و الإشراف عليها, وتتألف هذه المجموعة من المديريات التالية: 

مديرية توليد الطاقة

مديرية نقل الطاقة

مديرية التنسيق

مديرية المرافق

مديرية المعلوماتية

مديرية إنشاء المحطات

مديرية التخطيط والإحصاء

مديرية الدراسات

مديرية التنفيذ

مديرية التدريب والأمن الصناعي

مديريات الشؤون الإدارية والمالية والقانونية 
 ترتبط هذه المجموعة بمعاون المدير العام للشـــــؤون المالية والإدارية والقانونية وتتولى هذه المجموعة كــافة الأعمال المالية والمحاسبة ومسك الحسابات و إعداد الموازنات وفق الأنظمة النافذة وتأميـن القروض و إبرام العقود وتوريد المواد والتجهيزات الضرورية وتخزينها وذلك لتنفيذ مهام و أهداف المؤسســــــة كما تقوم هذه المجموعة بتأمين المهام القانونية والخدمات العامة .و تتألف هذه المجموعة مــن : 

مديرية الشؤون المالية

مديرية الحسابات

مديرية العقود

مديرية القروض

مديرية التموين والمستودعات

مديرية الشؤون الإدارية

مديرية الشؤون القانونية

مديرية الرقابة الداخلية 
 تعمل هذه المديرية ضمن الولاية العامة للهيئة المركزية للرقابة والتفتيش بهدف تحقيق الرقابتين الآنية

واللاحقة على العمل الإداري والإنتاجي وتمكين الإدارة من الإحاطة بكيفية سير الأعمال في المؤسسة وذلك وفق الأحكام القانونية والأنظمة والتعليمات الصادرة بهذا الشأن والقيام بأعمال التدقيق والتقصي التي تكلف بها من قبل الإدارة 0

يناط بكل من أجهزة الرقابة الداخلية المنوه بها أعلاه والتي تعمل ضمن الولاية العامة للهيئة المركزية للرقابة والتفتيش بهدف تحقيق الرقابتين الآنية واللاحقة على الأداء الإداري والإنتاجي ويناط بها

المهام التاليــــة :

  أ‌.  تحقيق المخالفات الإدارية  والمسلكية .

 ب‌.  تحقيق ما يمكن أن تقف عليه أو ما يحال إليها من الإدارة أو الهيئة من شكاوى المواطنين

 ت‌.  وضع اليد على ما يتعلق بالجرائم الاقتصادية وسائر المخالفات والجرائم الواقعة على المال  العام والمرتكبة من قبل العاملين في الجهات التابعة لها والتحفظ على وقائعها وأدلتها إلى حين مباشرة الجهات المختصة تحقيقها .

 ث‌. تحقيق بعض القضايا المتعلقة بالجرائم المشار إليها في الفقرة  / ج / بتفويض من الهيئة .

 ج‌. تنفيذ أعمال رقابية وتفتيشية محددة من خلال خطط عمل سنوية أو طارئة تضعها الإدارة بالاتفاق مع الهيئة .

 ح‌. الاستماع إلى إفادات العاملين في الجهة الإدارية التي تتبعها شهودا  أو  مشكوا منهم بصرف النظر عن مراكزهم ومراتبهم الوظيفية باستثناء معاون الوزير  والمدير العام  والرؤساء المباشرين حين يكونون مشكوا منهم حيث تتولى الهيئة تحقيق القضايا المتعلقة بهم

 خ‌. اقتراح خطط عمل الرقابة السنوية وينبغي أن تتضمن هذه الخطط موضوعات  الرقابة أو التفتيش والمراحل الزمنية التي يتناول التفتيش أو الرقابة ونسبة المراجعة أو التدقيق  والأهداف المتوخاة

  د‌. اقتراح وقف الإجازات الإدارية كليا أو جزئيا وإبعاد بعض العاملين عن مراكز أعمالهم بالإجازة أو النقل أو الندب ، حين مباشرة الأعمال الرقابية أو التفتيشية أو التحقيقية إذا اقتضى تنفيذ المهمة ذلك .

  ذ‌. إعلام الهيئة مباشرة وفورا با لقضا يا  التي تباشر تحقيقها عن وطريق وزير الكهرباء  .

 ر‌. إعداد تقارير ربع  سنوية بمهمات الخطة التي بوشر بها والصعوبات الحاصلة  والمقترحات اللازمة  لمعالجتها وتذليلها  ترفع إلى الهيئة عن طريق وزير الكهرباء 

 ز‌. متابعة تنفيذ تقارير الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش 0  ولها الاستعانة بالخبراء  في تحقيق الأمور التي تتوقف معرفتها أو الكشف عن حقيقتها على خبرة فنية .